本系自87學年度貣成立於至今，前身為臺北市立體育學院所屬之競技運動學系，102年8月由臺北市立體育學院及臺北市立教育大學合併為臺北市立大學：一所植基於培育績優運動競技選手之優勢，打造「奪金選手重鎮大學」以及在師資培育的優良傳統下，營造「師資培育典範大學」，更基於學校在人文藝術、科學教育、運動休閒的專業，以及臺北市政府未來對市政管理與發展人才之需求，建設為一所「都會特色創新大學」。自新的綜合型大學成立後，本系隸屬於臺北市立大學體育學院下之獨立科系。
　　本系在新校務發展方向中：打造「奪金選手重鎮大學」目標下，針對夏季奧林匹克運動會中與水域相關之正式比賽項目作為主要競技運動招生項目，目前包括：游泳(Swimming)、划船(Rowing)、輕艇(Canoe/Kayak)以及鐵人三項(Triathlon)等項目，招生對象為國內、外高中畢業或具同等學力且具備前述運動項目競技經歷之學生。
　　本系設立宗旨：1.競技運動員朝頂尖國際級發展2.水域管理人才朝多元化發展3.運動指導人才朝專業化發展4.運動科研人才朝精緻化發展。在頂尖運動員養成發展上，多年來各項專長代表國家參加各項國際賽事，包括洲際錦標賽、世界錦標賽、世界運動會、亞洲運動會甚至奧運會。成績表現亮眼曾獲得亞錦賽金牌、亞運會金牌、奧運會前16名的傑出成績表現，不僅在國際體壇上展露頭角，亦替學校爭取榮譽。在水域活動與運動健身產業本系校友也參與其中，當中包括運動中心、體適能指導員、水域活動教學與推展工作，更有自行創業成立水上休閒運動產業者；在培養學生運動科學研究興趣以期進而在大學學業完成後能進一步加入科學研究領域上，畢業後進入研究所學習是每一屆畢業生中的選擇之一，多年來本系校友亦不乏進入大學任教、獲得世界頂尖大學如：獲聘擔任英國伯明翰大學專任研究員，參與頂尖運動科學研究工作、獲得加拿大多倫多大學(University of Toronto)全額獎學金繼續攻讀博士學位等傑出表現。在師資培育部份，配合學校所開設之國小教育學程及特殊教育學程，每年有學生加入修習。且有多位學生在全國各校服務，在教育職場上更能結合本身具有之運動專長基礎，在班級經營及運動社團或代表隊之指導方面，均獲得服務學校良好評價。此外，本系畢業學生擔任運動專任教練，並在全國各地基層學校及訓練站培育優秀運動選手。
　　本系除培養水域活動之競技與休閒活動專業人才外，亦積極參與籌辦各項活動，如2017臺北世界大學運動會、臺北市校際游泳大隊接力競賽、臺北國際龍舟賽、2009臺北聽障奧運、臺北國際馬拉松、划船賽、水陸鐵人二項競賽、水上運動會、舵手研習營、暑期游泳育樂營等活動，均由本系教師帶領學生全力參與，並從活動的舉辦中培養學生之競賽及行政實務能力。本系成立以來，在歷任校長及系主任的帶領下，全系師生積極的在提升競技運動水準與水域活動的範圍不斷努力經營，其目標在使學生於專業領域上具備一定能力，更能對於社會適應與生涯發展上成就個人、為國家爭光，為社區服務，更能進一步回饋社稷。